Nový prezident patřil k vlivným členům KSČ, za války byl v koncentračním táboře a po návratu se opět zapojil do politiky. V únoru 1948 se jako odborářský šéf podílel na komunistickém převratu.

Když Antonín Zápotocký míří na své nové místo na hradě, je poměrně oblíbený, ale valný zájem o něj lidé nemají. Oficiální fotografie, na které kyne dělníkům, musela být proto upravena fotomontáží. Byl na ni doplněn dav lidí, aby nepůsobila trapně.

Zápotocký to s prací prý nehrotil. Jak uvedl historik Pernes, chodil do úřadu třikrát týdně dopoledne a moc to nepřeháněl. Začala jím éra prezidentů tzv. „na vedlejší úvazek“.

Svou tvrdost se snažil zakrýt pod slupkou lidovosti. Rád se vydával do ulic a s lidmi mluvil jako se sobě rovnými, ale právě za jeho éry sílil komunistický teror.

Za jeho působení ve funkci pokračovaly politické procesy, které stály život a svobodu mnoha nevinných lidí. V květnu 1953 si Zápotocký pošramotil pověst. Ve večerních zprávách tehdy ujistil národ, že nebude měnová reforma, že informace o ní jsou jen propagandou západu. Druhý den ráno peníze ztratily svou hodnotu – za padesát korun byla koruna jedna. To vyvolalo odpor u obyvatelstva, který v Plzni, konkrétně u dělníků ve Škodovce, přerostl v povstání. Na něj reagoval prezident velmi tvrdě – povolává armádu, Pohraniční stráž, Lidové milice a následují politické soudní procesy.

Situace využívá Antonín Novotný, který na Zápotockého žaluje v Moskvě. Tím nastává čas, kdy se prezident stahuje do ústraní. V srpnu roku 1955 postihne Zápotockého infarkt, ta samá situace se poté opakuje o dva roky později. Třetí infarkt, který přišel zanedlouho poté, už jeho srdce nevydrželo. Antonín Zápotocký umírá 13. listopadu 1957.

Katafalk s otevřenou rakví je vystaven o pět dní později ve Španělském sále Pražského hradu. Smutečního průvodu se účastní tisíce lidí, ale z tváří většiny z nich lze pozorovat spíše přetvářku než skutečné truchlení.